Im weltberühmten Stift Melk – gleichsam im Schatten Jakob Prandtauers – zu bauen, ist für jeden Architekten eine besondere Herausforderung. Nach ersten Bauaufgaben im unmittelbaren Stiftsbereich (Eingang, Lift und Treppe zum Kolomani-Saal) wurden Wehdorn Architekten im Jahre 2004 mit einem Gesamtprojekt zum Um- und Ausbau des Stiftsgymnasiums betraut. Gleichzeitig damit erfolgte die Neugestaltung des Wirtschaftshofes, danach wurde – ebenfalls nach Plänen von Wehdorn Architekten – das neue Besucherzentrum in der Nordbastei der Stiftsanlage errichtet, wobei die Bauführung auch die Neugestaltung des sogenannten „Torwartlhofes“ mit Pforte und Benediktidurchgang umfasste. Als bislang letzte Bauführung abgeschlossen im Juli 2017, erfolgte der Umbau des dreigeschossigen Stiftrestaurants mit dem davor befindlichen Orangeriegarten, der in Etappen in der alljährlichen Winterpause des Restaurants umgesetzt werden musste. Ziel des Restaurantumbaus waren die Erfüllung der Barrierefreiheit, die Verbesserung des Brandschutzes, Schaffung von zusätzlichen Fluchtwegen, Erneuerung der Haustechnik, der Sanitäreinheiten sowie der Großküche. Die Fassade die den siebziger Jahren des 20. Jahrhunderts entstammte, wurde zeitgemäß adaptiert. Der neu hergestellte Orangeriegarten wurde mit einer Brunnenschale, mit Metallsitzmöbel und einer attraktiven Beleuchtung akzentuiert.

Zu den beiden bisher größten Bauführungen, nämlich dem Umbau des Stiftsgymnasiums, mit dem Neubau der Dreifach-Turnhalle, sowie dem neuen Besucherzentrum, ist anzuführen:
Die Schultradition in Stift Melk geht urkundlich bis zum Jahr 1120 zurück. Die ständig steigende Bedeutung der Schule für die gesamte Region führte in den letzten Jahren zu einer sprunghaften Steigerung der Schülerinnen- und Schülerzahl (derzeit über 900) und damit zu einem dringenden Raumbedarf. Dieser augenscheinliche Raummangel wurde sowohl durch den Umbau und die Erweiterung der Schule im Bestand, der Einbeziehung des dritten Stockwerkes, als auch durch den Neubau einer Dreifach-Turnhalle, an der Stelle des alten, für 350 Schülerinnen und Schüler ausgelegten Turnsaales, gelöst. – Der großvolumige Neubau der Dreifach- Turnhalle wurde teilweise unter Terrain gesetzt, die oberirdischen Teile mit großzügigen Verglasungen ausgestaltet, sodass auch der Ausblick auf das Landschaftsbild der Wachau vom Schulhof aus nach wie vor gegeben ist.

So wie die Schülerzahl wuchs Jahr für Jahr auch die Zahl der Touristen, welche heute rund 500.000 beträgt. Die Bewältigung dieser gewaltigen Besucherströme erforderte auch die Errichtung eines neuen Besucherzentrums, das in der Nordbastei – 1717, ebenfalls nach Plänen von Jakob Prandtauer erbaut – entstand. Der zweigeschoßige Baukörper zeigt im Grundriss einen zentralen Erschließungskern, der von einem ringförmigen Gewölberaum umschlossen ist. Die historische Form des Grundrisses ermöglichte eine zeitgemäße Lösung der Problemstellung mit einer neuen Aufzugsanlage, welche die ebenfalls neu geschaffene Aussichtsterrasse auf der alten Bastei erschließt. Im Erdgeschoß des Gebäudes ist Information und Shop untergebracht, der erste Stock dient als Ausstellungsgeschoß.
Bei allen Projekten stand und steht aus architektonischer Sicht – bei durchaus selbstbewusster Gestaltung der notwendigen Neubauten – die Minimierung aller Eingriffe im Vordergrund. Das gestalterische Konzept ist Basis für eine spannende Auseinandersetzung zwischen Alt und Neu, zwischen Tradition und Zukunft.

Für die Lösung des neuen Besucherzentrums erhielten Wehdorn Architekten 2012 den erstmals ausgeschriebenen Kulturpreis für die Revitalisierung denkmalgeschützter Altsubstanz des Landes Niederösterreich. Die Revitalisierung der Nordbastei steht in einer Reihe von Projekten, die von Wehdorn Architekten in den letzten Jahren für das Stift Melk umgesetzt wurden. Vom hohen Qualitätsanspruch des Büros Wehdorn und dessen Verständnis im Umgang mit denkmalgeschützter Altsubstanz zeugen ferner neben vielen Projekten im In- und Ausland auch zahlreiche andere Beispiele, die in Niederösterreich in den letzten Jahren realisiert wurden.
Beispielhaft seien der Umbau der ehemaligen Tabaktrafik in Krems-Stein, die denkmalpflegerische Sanierung von Schloss Hof oder die Revitalisierung der Burg Rappottenstein genannt.
Manfred Wehdorn verfügt über lange Erfahrung im Umgang mit historischer Bausubstanz, die er dankenswerterweise an seine Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter, aber im Zuge seiner Lehrtätigkeit auch vielen angehenden Architektinnen und Architekten weitergibt. Somit ermöglicht Wehdorn, der auf diesem Feld eine weit über das Land hinausreichende Reputation genießt, auch seinem Team – wie etwa bei den Projekten für das Stift Melk – Einfluss auf das Gelingen der einzelnen Aufgabenstellungen zu nehmen.